上海交通大学中国公益发展研究院前身是2011年成立的上海交通大学第三部门研究中心，全国工商联名誉主席黄孟复任名誉理事长，上海交通大学国际与公共事务学院徐家良教授任院长。

十多年来，研究院在学术科研、政策咨询等方面硕果累累。

2014年、2017年、2020年三次主持国家社会科学基金重大项目：2014年国家社会科学基金重大项目“全面深化改革中政府购买公共服务制度化研究”，2017年国家社会科学基金重大项目“促进中国慈善事业发展的法律制度创新研究”，2020年国家社会科学基金重大项目“慈善组织的治理和监督机制研究”。

对《中华人民共和国慈善法》、《中华人民共和国境外非政府组织境内活动管理法》的制定和社会组织三大条例（《社会服务机构登记管理条例》、《基金会管理条例》、《社会团体登记管理条例》）的修改曾提出过政策建议。

从2011年起，定期出版《中国社会组织研究》（原名“《中国第三部门研究》”）集刊，已经出版25卷，2017年进入中文社会科学引文（CSSCI）来源集刊目录，2019年至2022年连续被社会科学文献出版社评为优秀集刊。2013年至2019年每年与民政部社会组织服务中心联合发布社会组织蓝皮书《中国社会组织评估发展报告》，2018年发布社会组织蓝皮书《中国社会智库发展报告》，2021年、2023年发布社会企业蓝皮书《中国社会企业发展研究报告》。

目前已入选上海高校智库内涵建设计划、中国首批智库索引（CTTI）来源智库，被中国社会科学院评为“中国核心智库”称号。研究院是民政部社会组织与社会建设研究基地（2014）、民政部全国社会组织教育培训基地（2016）和民政部政策理论研究基地（2019）；同时也是“十三五”上海民政科研基地、“十四五”上海民政科研基地、上海公益基地。